16S rRNA จำแนกจุลินทรีย์

            จุลินทรีย์ทั่วไปมีประมาณร้อยละ 1 ที่สามารถนำมาเพาะเลี้ยงศึกษาได้ในห้องทดลอง

      การศึกษาด้านพันธุวิศวกรรมของจุลินทรีย์ ดังนั้นจึงมีการศึกษาแนวทางใหม่ คือ  Metagenomics ซึ่งเป็นการศึกษาสารพันธุกรรมทั้งหมดของสังคมจุลินทรีย์ในสิ่งแวดล้อมหนึ่งๆ

      เพื่อหาความสัมพันธ์ของกลุ่มประชากร วิธี Metagenomics  สามารถแบ่งตามวัตถุประสงค์เป็น 2 ด้าน คือ 

     เพื่อค้นหาสิ่งใหม่ ๆ ที่เป็นประโยชน์ซึ่งจุลินทรีย์ในสิ่งแวดล้อมนั้นๆ ผลิตได้ เช่น เอนไซม์ ยาปฏิชีวนะ หรือสารใหม่

และเป็นการศึกษาเพื่อระบุชนิดของจุลินทรีย์ในกลุ่มประชากรที่ศึกษานั้น โดยการใช้ยีน 16S rRNA เป็นหลัก

    หรือประยุกต์ใช้กับงานได้หลากหลาย  เช่น การเข้าใจถึงความสำคัญของจุลินทรีย์ที่อาศัยร่วมกันในลำไส้ของมนุษย์

     บทบาทต่อการย่อยและดูดซึมอาหาร และช่วยในการค้นหาจุลินทรีย์ใหม่ที่มีความสามารถในการผลิตผลิตภัณฑ์ที่นำไปใช้ในงานด้านการเกษตร อุตสาหกรรม  และการแพทย์ ได้โดยไม่จำเป็นต้องสามารถเพาะเลี้ยงจุลินทรีย์เหล่านั้น

     สำหรับการจำแนกจุลินทรีย์ โดยใช้ส่วน 16S rRNA gene (rrs) ซึ่งมีข้อดีคือ

- เป็นยีนทีมีอยู่ในแบคทีเรียทุกชนิด

- มีความผันแปรทางวิวัฒนาการต่ำ

- มีความเป็นบริเวณอนุรักษ์สูง  

  เทคนิค จำแนกจุลินทรีย์โดยเทคนิค Next generation sequencer ใช้ส่วนที่เป็น V3-V4 เป็นส่วน primer โดยเพิ่มส่วนที่เป็น ตัวเชื่อมกับ primer เข้าไปดังลำดับที่แสดง

                         TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGCCTACGGGNGGCWGCAG 

       Overhang Adapter Sequence                    Locus-specific

GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGGACTACHVGGGTATCTAATCC

        โดยผลที่ได้จะสามารถจำแนกกลุ่มจุลินทรีย์ที่อยู่รวมกันโดยไม่ต้องทำการแยกเชื้อ หรือเพาะเลี้ยง

อันเนี่องจากจุลินทรีย์ บางชนิดไม่สามารถแยก

- หรือเลี้ยงได้ หรืออาหารเพาะเลี้ยง